Generalmente basta l'upload, ma questo non ti metterà in sicurezza il sito, se non scopri il "buco"(probabilmente qualche permesso configurato male sul server) potrebbero rientrare da dove sono passati la prima volta.
E non c'entra da quanto tempo TU non entri in FTP, dubito che abbiano usato il tuo computer.

Immagino anch'io che sia successo qualcosa su server aruba e infatti sono rimasto sconcertato dalla risposta che mi hanno dato, comunque intanto ripristino e poi cerco dei provider alternativi, qualche consiglio?

Ciao,
l'importante è che siano fornitori con servizi tarati per un uso professionale, per banda, traffico ecc. ecc.
E che il pacchetto di hosting che scegli di utilizzare sia un pacchetto con un pannello di controllo professionale (cPanel, ad esempio) e che ti consenta di gestire quello che ti serve: dns, database, backup....

Noi usiamo Serverplan: a parità di servizio-prezzo rispetto ad altri ha un'assistenza imbattibile e seria. Certamente ce ne sono anche altri, l'importante è avere un pacchetto come si deve e - come diceva Alberto - al limite affidarti a qualcuno per la gestione.